Giá trị của đá quý còn thể hiện qua sự hiếm của nó. Loại đá nào càng đẹp càng hiếm thì càng được nhiều người săn lùng. Tính hiếm của đá quý có tính thời điểm, nó đi cùng với việc phát hiện ra các mỏ mới.
Hiếm cũng là một trong những tiêu chuẩn tạo nên giá trị cho đá quý, tuy nhiên tiêu chuẩn này không rõ ràng, nó phụ thuộc vào yếu tố chủ quan của con người. Một khi viên đá đó được xác định là hiếm thì người ta phải hiểu được bản chất của viên đá đó để đánh giá giá trị của nó. Ví dụ như than và kim cương là hai loại khác nhau có cùng thành phần hoá học là cacbon. Tuy nhiên sẽ không chính xác nếu nói rằng than là hiếm bởi vì nó có thành phần hoá học giống một viên kim cương. Hay ruby và sapphire là hai loại đá quý có màu khác nhau thuộc nhóm corundum, ngày nay corundum được khai thác khá phổ biến, nhưng để tìm được những viên đá corundum có chất lượng tốt để chế tác thành sản phẩm mài giác có giá trị thì hiếm, thường chỉ chiếm chưa tới 1% lượng corundum được tìm thấy, nên đối với những viên hoàn hảo thì cực kỳ hiếm vì thế giá trị của nó rất cao, và khó tìm thấy trên thị trường.
Đối với đá quý, tính hiếm là một thang đo nhưng nó không mang tính chất quyết định, nó còn phụ thuộc vào các yếu tố khác. Một số loại đá này hiếm hơn những loại đá khác, nhưng nếu chỉ hiếm thì chưa đủ giúp cho một viên đá đó có giá trị. Bên cạnh đó, một số loại đá quý thì phổ biến ở dạng kích thước nhỏ, nhưng hiếm gặp những viên có kích thước lớn, ví dụ: Ruby, sapphire, emerald, alexandrite, garnet stavorite, spinel. Do đó đối với những đá loại này, để có được một viên kích thước lớn bạn phải trả một giá tiền cao hơn nhiều cho mỗi carat so với những viên có kích thước nhỏ. Tsavorite Garnet cắt kiểu oval, 0.42ct, 5x4mm, được rao bán giá với giá 21.87USD (thaigemstore.com) Tsavorite Garnet cắt kiểu giọt nước, 1.22ct, 6.9×5.4×4.5mm, được rao bán với giá 272.70 USD (thaigemstore.com)
Một số loại đá quý có đặc điểm đặc biệt, hiếm gặp thì nó thường có giá trị cao hơn những loại thông thường.
